minil releaseでChangesに追記するときは

{{$NEXT}}
<<このエリアにspace or tabを挟んで追記する>>

とのこと (https://github.com/tokuhirom/Minilla/blob/master/lib/Minilla/Release/CheckChanges.pm#L20)

なので、

0.01
    - Comments

という体裁にしたかったら、

{{$NEXT}}
    - Comments

と書くだけでよかった。

ref:
Not detecting version in Changes file · Issue #59 · tokuhirom/Minilla · GitHub
MinillaでNo mention of version '0.02' in changelog file 'Changes' - 鈍足ランナーのＩＴ日記